ピースボートは国連の協議資格をもつNGOです。
設立者である辻元清美が船会社との交渉などを担当したときに、企業の社会貢献の見地から船会社（商船三井客船）をはじめ多くの方々にご協力をいただきました。
「ピースボートが過激派の資金源になっている」というデマはまったくの事実無根です。逮捕時の警察による徹底的な捜査の結果、どんな疑いも出てこなかったことから明らかです。
「辻元清美のピースボートがいわき市の支援物資を足止め・横領した」というデマもありました。それを2014年4月2日に東スポが「横流し疑惑」と報じてデマが拡散しましたが、ありえません。支援物資は自治体の管理下にあり、ピースボートの活動地域は福島県いわき市ではなく宮城県石巻市でした。拡散元ブログを書いた人物も間違いを認めています（http://ameblo.jp/barrett-m82/entry-10848659609.html）。
これらのデマについては、以下のWEBサイトで詳しく検証されています（http://hara19.jp/archives/5552）。

なお辻元清美は、1996年の衆議院に立候補するにあたって、NGOの政治的中立性を保つ意味からも、ピースボートのすべての役職から退いています。現在の活動とも、一切の関係をもっておりません。